自動コミットが有効であったとしても、DatabaseMetaData結果セットが、他の文の結果セットを閉じることはありません。
ユーザがJDBCのオブジェクトに行った操作により、自動的なコミットが行われるとき、DatabaseMetaData結果セットは閉じられます。もし自動的なコミットを起こすような他の操作を実行している間、DatabaseMetaData結果セットにアクセスできるようにする必要があるなら、setAutoCommit(false)により 自動コミットを切ってください。