Derbyを実行するための環境設定を行う前に、Derbyにて可能な構成を知るべきです。 なぜなら、その構成はclasspathやドライバ、データベースに接続するURLに影響するからです。
詳しくはDerby Developer's GuideにあるDerbyの構成について説明を参照してください。